Η αξονική κολονοσκόπηση ενδείκνυται σε περιπτώσεις όπως είναι οι εξής:
● Προληπτικός έλεγχος για καρκίνο του παχέος εντέρου, ειδικά σε άτομα άνω των 50 ετών
● Αδυναμία ολοκλήρωσης της κλασικής κολονοσκόπησης λόγω ανατομικών ιδιαιτεροτήτων, συμφύσεων ή εντερικής απόφραξης
● Φόβος ή άρνηση του ασθενούς να υποβληθεί σε ενδοσκοπική εξέταση
● Έλεγχος μετά από πολυποδεκτομή ή για επιτήρηση ασθενών με ιστορικό πολυπόδων
Θα πρέπει να σημειωθεί πως η μέθοδος αυτή δεν προορίζεται για θεραπευτικούς σκοπούς για οποιαδήποτε πάθηση. Σε περίπτωση, για παράδειγμα, που πρέπει να αφαιρεθούν πολύποδες, η αξονική κολονοσκόπηση μπορεί να είναι ένας εξαιρετικά αποτελεσματικός τρόπος για τον εντοπισμό τους με υψηλή ευαισθησία αλλά δεν μπορεί να αξιοποιηθεί για την εκτομή τους.